在电影开始开篇，场景看起来被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天确实男孩，但这次经历对他来讲是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的女孩。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）专门要好。一些伐木工人给那个地点带来了苦恼，Yukinari将关心Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时刻内寻寻她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那儿，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，看起来Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻寻着雪比拉。那个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来爱护雪拉比。突然，奇妙的口袋怪兽Suicune出现了。据讲这只奇妙的妖怪具有可怕的能力......