“反转世界”是存在于那个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个漂亮而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的专门空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳寻到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在接着旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢奇妙宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往奇妙宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的隐秘。正预备离开奇妙宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，奇妙宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，那个地点是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，宽敞而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人刚要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。讲话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不能够让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的关心下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起接着着探究花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“漂亮奇迹”!